1. Sügav aukude töötlemine on suletud või poolsuleti olekus, nii et tööriista lõikamise tingimust ei saa otseselt jälgida.
2. Soojuse lõikamine ei ole lihtne levitada. Üldiselt võtavad lõikamisprotsessis kiibid ära 80% lõikamissoojusest, samas kui sügavate aukude puurimisel on see vaid 40%. Lõikamisvahend moodustab suure osa lõikamissoojusest. Hilja on lihtne hajutada ja üle kuumeneda ning tipptasemel temperatuur võib ulatuda 600 kraadini. Seetõttu tuleb vastu võtta sunniviisiline ja tõhus jahutusmeetod.
3. Kiipe ei ole lihtne tühjendada. Augu sügavuse ja kiibi pika tee tõttu on seda lihtne blokeerida, mis põhjustab biti purunemist. Seetõttu tuleks kiipide pikkust ja kuju kontrollida ning teha kohustuslik kiibi eemaldamine.
4. Protsessisüsteemi jäikus on halb. Augu suuruse piiramise tõttu on augu pikkuse läbimõõdu suhe suur, puuritoru on õhuke ja pikk, jäikus on halb, vibratsiooni on lihtne tekitada ja puurimisava on lihtne kõrvale kalduda, mistõttu on väga oluline toetada ja juhtida.
Selleks, et bitti puuri õigesti juhtida, kasutatakse tavaliselt tooriku juhtava töötlemise või juhtvarruka kasutamise meetodit, esimest kasutatakse ühe tüki töötlemiseks ja viimast kasutatakse partii tootmiseks. Sügava augu puurimisviga on tingitud biti ja juhtvarruka (juhtaugu) vahelisest lõhest ning suureneb aksiaalse jõu suurenemisega. Juhtvarruka ja biti vahelise kliirensi mõju puurimisveale. Puurimise alguses surub radiaaljõud bitijuhiku ploki juhtvarruka avaseinale. Nende kahe tõttu erineb biti keskpunkt tooriku pöörlemiskeskusest. Sel ajal on puuritud augu läbimõõt väiksem kui biti läbimõõt. Kui juhtplokk hakkab masinaavasse sisenema, pigistatakse veidi väiksema läbimõõduga avaseina toimel välimine serv väljapoole, nii et puuriosa keskpunkt nihutatakse vastupidises suunas tooriku pöörlemiskeskmele, nii et ava läbimõõt on laiendatud. ning juhtploki ja auguseina vaheline hõõrdumine pigistatakse, nii et puurimispöördemoment suureneb kiiresti.
